Zbor „Emirates” deviat spre Atena după o alertă CIA
Celălalt zbor, Emirates EK 209, care a reușit să decoleze spre New York, a primit semnalul de a se întoarce pe aeroportul din Atena în timp ce se afla deasupra Sardiniei și a fost deja în curs de aterizare. Nici Franța și nici Italia nu au permis avionului să aterizeze pe niciunul dintre aeroporturile lor, astfel că avionul a trebuit să se întoarcă la Atena "El. Venizelos". Din momentul în care a intrat în spațiul aerian național, zborul EK 209, care transporta 228 de pasageri și 18 membri ai echipajului, a fost însoțit de două avioane F16 ale Forțelor Aeriene grecești, care au decolat la ora 21:09 GMT de la baza Souda. Avionul Emirates se afla la 120 de mile la sud-vest de Kalamata atunci când s-a ordonat decolarea avioanelor de vânătoare. Ordinul a fost dat de NATO.
Zborul spre Dubai trebuia să plece din Atena la ora 17:55 GMT. Pasagerii s-au urcat la bordul aeronavei ca de obicei, ușile s-au închis, iar aeronava a rulat până la pista de aterizare. Cu toate acestea, înainte ca procesul să fie finalizat, căpitanul a informat pasagerii că trebuie să se întoarcă din cauza unei probleme tehnice.
Când aeronava a ajuns din nou în zona de parcare, pasagerii au fost rugați să coboare și să își ia toate lucrurile cu ei.